Le shiatsu est historiquement lié à la médecine traditionnelle chinoise. Il s'est développé au Japon et trouverait ses origines dans l'Ampuku, un traitement principalement axé sur le ventre, et le massage Anma, autre art traditionnel du massage dont la pratique fut autrefois réservée aux aveugles.

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 Le terme shiatsu ("pressions des doigts") apparaît au début du 20ème siècle pour le différencier des massages et autres techniques de traitement manuel. Après avoir fondé le Japan Shiatsu College en 1940, Tokujiro Namikoshi obtient sa reconnaissance officielle en 1960, le shiatsu est reconnu au Japon comme médecine à part entière.

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 Shizuto Masunaga, ancien élève de Namikoshi puis enseignant au Japan Shiatsu College, développa la méthode du Zen Shiatsu ou Iokaï Shiatsu. Diplômé de psychologie et passionné de textes traditionnels et de philosophie orientale, il reconnecta le shiatsu à ses racines de médecine traditionnelle chinoise.

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 De nombreux maîtres développèrent leur propre style en parallèle et par la suite.

 On dit qu'il y a autant de styles de shiatsu que de praticien•nes.